Fils de l’artiste peintre Jacques Pajak, grand voyageur, rédacteur en chef de plusieurs journaux culturels et satiriques, notamment le mensuel culturel Voir , Frédéric Pajak est l’auteur de Le Bon Larron, chez Bernard Campiche éditeur et L’Immense Solitude. Avec ce livre, qui reçoit le prix Michel-Dentan 2000, Pajak invente une forme originale : le texte et le dessin sont si intimement imbriqués qu’ils doivent se lire ensemble. Ce n’est pas un livre illustré, ni une forme de BD, mais un alliage à la fois fascinant et puissant entre les mots et les images, qui sont comme mis en miroir.
Désirant avant tout ne pas se confiner à un champ plutôt qu’à un autre, Frédéric Pajak est à la fois peintre et écrivain. En 2000, il met en scène le poète Guillaume Apollinaire dans Le Chagrin d’amour, livre qui procède de la même veine que L’Immense Solitude. En 2001, il publie Humour, une biographie de James Joyce, en collaboration avec Yves Tenret.
Au printemps 2006, il publie un roman chez Gallimard, La Guerre sexuelle.
Il a lancé de nombreuses revues, dont L’Imbécile de Paris, et édite chez Buchet/Chastel la collection Les Cahiers dessinés, dans laquelle il rassemble des peintres, des dessinateurs et des auteurs de bande dessinée.
Il remporte le prix Médicis essai 2014 pour le troisième tome de Manifeste incertain.